Obranný mechanizmus imunitního systému je velmi účinný a současně i přesný, což je nutné pro udržení dobrého zdravotního stavu našeho organizmu. Proti vniknutí cizích vetřelců infekčního původu či proti vzniku rakovinných buněk nás chrání protilátky, ochranné T-buňky a fagocyty.
Stane se však, že tento systém svou přehnanou důsledností může působit obtíže svému vlastnímu organizmu, například při autoimunitních onemocněních nebo při transplantaci orgánů.
Při autoimunitním onemocnění jsou vlastní tkáně napadány vlastní imunitní obranou - někdy mírně, jindy intenzivněji. Příkladem takového onemocnění je roztroušená mozková skleróza a reumatoidní artritida.
Původ v imunitním systému mají také alergie a atopie (dědičně založený sklon k alergii). Typickými projevy atopie jsou atopický ekzém, pylová alergie (alergická rýma a alergický zánět spojivek) a alergické astma.